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Le fjord du Saguenay est un milieu géographique particulier. Sans être sous l'influence arctique, il présente le climat d'une région nordique dont les écarts de température sont spectaculaires.
Les saisons, qu’accentuent une topographie accidentée et la proximité du fleuve Saint-Laurent, présentent un climat très variable selon l’altitude.
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En hiver, la glace qui recouvre ses eaux bouge au gré des marées pouvant atteindre une amplitude de 5 mètres.
Profondément ciselé dans le massif des Laurentides, le fjord mélange ses eaux douces à l'eau salée de l'Atlantique. Si on pouvait mettre les eaux du Saguenay dans une bouteille, on y verrait se former deux couches bien distinctes, comme le vinaigre et l'huile d'une vinaigrette. En effet, la densité de cette eau diffère selon sa salinité et sa température, l'eau douce plus chaude du lac Saint-Jean glissant au-dessus des eaux salées et froides du Saint-Laurent.
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